A designação desta tipologia de farmácia, regulada pelo Decreto-lei n.o 44204 de 2 de fevereiro de 1962, acaba por ser autoexplicativa, dizendo respeito às farmácias servientes dos hospitais, públicos ou privados.

Tratam-se de serviços com autonomia técnica e científica, embora sujeitos à orientação geral dos órgãos de administração dos hospitais, perante os quais respondem pelos resultados do seu exercício.

Importa nesta senda frisar que a farmácia hospitalar, contrariamente à farmácia comunitária, não se destina à venda ao público. Diversamente, tem como intuito específico a realização de atividades farmacêuticas dentro dos hospitais, assegurando por essa via a terapêutica medicamentosa dos doentes, embora também possa agregar atos de investigação científica e de ensino.

No fundo, estas farmácias operam numa lógica de assistência aos organismos hospitalares onde estão inseridas. A título de exemplo, é da incumbência do farmacêutico hospitalar, entre outros, a aquisição e gestão dos medicamentos, a sua preparação e distribuição pelos blocos e enfermarias.